Zmiana sposobu przekazywania faktur do centralnego systemu wymaga spojrzenia na cały proces ich wystawiania i odbierania. W praktyce faktura jest zwykle jedynie jednym z elementów większego obiegu, w którym uczestniczą dane kontrahenta, zamówienie, sprzedaż, magazyn, księgowość a także archiwizacja dokumentów. Z tego powodu integracja KSeF może dotknąć kilku sekcji jednocześnie, wręcz o ile na początku planowane jest tylko automatyczne wysyłanie faktur.

Szczególnie istotne jest uwarunkowanie, z którego kodu mają pochodzić dane przekazywane do systemu oraz gdzie ma być zapisywana informacja o wyniku operacji. Jeżeli faktury są wystawiane w więcej niż jednym miejscu, dochodzi dodatkowe zagadnienie związane z ujednoliceniem sposobu ich obsługi. W tak zaistniałej okoliczności warto przedtem ustalić, czy wszystkie źródła danych działają według tych samych zasad. Różnice, które przy ręcznej pracy były wychwytywane przez pracowników, po częściowej automatyzacji mogą stać się źródłem powtarzających się błędów.

Jednym z mniej oczywistych elementów jest obsługa numeracji i identyfikacji dokumentów. Wewnętrzny numer faktury może być niezbędny do znalezienia dokumentu w programie księgowym, jednakże system zewnętrzny może posługiwać się innymi informacjami dotyczącymi danego dokumentu. W codziennej pracy ważne jest, ażeby użytkownik potrafił powiązać te dane bez dodatkowego przeszukiwania kilku aplikacji. Ma to znaczenie szczególnie wtedy, gdy trzeba sprawdzić konkretną fakturę po kilku tygodniach albo miesiącach. Integracja z KSeF powinna więc uwzględniać nie tylko i wyłącznie przekazanie treści dokumentu, niemniej jednak również sposób zapisu informacji potrzebnych do jego późniejszego odnalezienia. Przy większej liczbie faktur ręczne porównywanie numerów i statusów może stać się osobnym misją. Warto również pamiętać, że dokumenty nie za każdym razem przechodzą przez proces w analogiczny sposób. Korekta, ponowna próba przekazania czy ręczna zmiana danych może sprawić, że standardowy schemat przestaje wystarczać.

Osobnego sprawdzenia wymaga sposób działania systemów w przypadku błędów. Podczas testów łatwo skupić się na poprawnym scenariuszu, czyli utworzeniu faktury, przekazaniu jej i zapisaniu odpowiedzi. W rzeczywistej pracy pojawiają się jednak sytuacje, w których dane są niekompletne, użytkownik zmieni dokument w nieodpowiednim momencie lub komunikacja między systemami zostanie przerwana. Wtedy ważne staje się postanowienie, co dzieje się z dokumentem po wystąpieniu kłopotu. Nie powinien on zniknąć z procesu ani pozostawić użytkownika bez informacji o dalszym działaniu. Równocześnie automatyczne ponawianie każdej nieudanej operacji nie za każdym razem jest właściwym rozstrzygnięciem. O ile przyczyną jest błąd danych, kolejne próby nie zmienią wyniku. Z kolei przy krótkotrwałym problemie technicznym ponowienie może być obsługiwane według innego schematu. Takie rozróżnienie powinno się uwzględnić podczas ustalania zasad działania integracji, ponieważ wpływa ono bezpośrednio na późniejszy czasszą pracę osób zajmujących się fakturami.

Znaczenie ma również przygotowanie użytkowników do pracy z nowym obiegiem dokumentów. Wręcz dobrze skonfigurowane systemy nie eliminują potrzeby podejmowania decyzji w niebanalnych przypadkach. Pracownik powinien mieć świadomość tego, gdzie sprawdzić status faktury, jak rozpoznać dokument wymagający dodatkowej testom a także co zrobić, gdy dane zapisane w jednym systemie nie odpowiadają informacjom w innym. Warto dodatkowo ograniczyć liczbę miejsc, w których trzeba poszukiwać tych samych informacji. Jeżeli już status dokumentu znajduje się w jednym programie, a komunikat o błędzie w drugim, obsługa może stać się bardziej skomplikowana, mimo że sama wymiana danych funkcjonuje prawidłowo. Integracja KSeF jest więc też kwestią organizacji pracy i ustalenia odpowiedzialności za poszczególne etapy. Dopiero prześledzenie rzeczywistych czynności wykonywanych przez użytkowników daje możliwość zauważyć, które elementy można połączyć, które powinny pozostać pod kontrolą człowieka a także gdzie potrzebne są dodatkowe reguły dla dokumentów odbiegających od typowego schematu.

Zobacz: KSeF API dokumentacja.